En enero de 1985, el Papa Juan Pablo II, realiza su primer Viaje Apostólico a Venezuela. En su visita a Maracaibo, celebra la Eucaristía en el campus de la Universidad del Zulia, el domingo 27 de enero de 1985.

El Consejo Universitario de LUZ, para realzar tan importante acontecimiento histórico, mediante el acuerdo No. 243 de fecha 16 de enero de 1985, crea la Cátedra Libre “Juan Pablo II”, con el objetivo de estudiar el panorama económico-social de la realidad latinoamericana y en respuesta a la solución de los problemas mediante el Evangelio. Ese mismo año, se comienzan a realizar las gestiones para establecer formalmente el servicio de capellanía en la Universidad del Zulia. La firma del Papa Juan Pablo II, inaugura el libro de visitantes de nuestra alma mater.

El 11 de septiembre de 1986, en el marco de la conmemoración de los 40 años de la reapertura de la Universidad del Zulia, Monseñor Domingo Roa Pérez y el Rector Ing. José Chiquinquirá Ferrer, reinauguran la Capilla Universitaria , ubicada en el Edificio «Ciencia y Salud». El 15 de septiembre de ese mismo año, Mons. Roa Pérez, confía la conducción pastoral de la recién creada capellanía, al Pbro. Dr. Rafael María de Balbín Behrmann , miembro de la Prelatura Personal del “Opus Dei”; quien desarrolló su labor pastoral hasta el 16 de febrero de 1993.

El 21 de noviembre de 1990, durante la celebración de la Eucaristía , es bendecido cuadro de Nuestra Señora de Chiquinquirá, cuyo autor es el jurista zuliano Ricardo Colmenares, quien donó esta obra de arte a la capilla Universitaria.

En el período del 1993-1997, asume la capellanía el Pbro. Dr. Jesús Gutiérrez Caderot , sacerdote de la Prelatura Personal del “Opus Dei”.

El Padre Gutiérrez se preocupó por la difusión de los documentos del Magisterio Eclesiástico: IV conferencia del Episcopado Latinoamericano de “Santo Domingo”, Nuevo Catecismo de la Iglesia Católica , Libro “Cruzando el umbral de la esperanza”, de S.S. Juan Pablo II). Organizó la catequesis de preparación para la primera comunión de los hijos de empleados y obreros de la Universidad del Zulia y catequesis para adultos; así como también retiros espirituales y cursos de teología para laicos. Destacó además por su apoyo a la Fundación Innocens.

El 12 de agosto de 1996, el Padre Gutiérrez constituyó el grupo de Pastoral Universitaria, conformado por estudiantes de distintas carreras y edades, que desarrollaban diversas actividades y conformaban además el voluntariado de la Fundación Innocens.

En 1997, Mons. Ovidio Pérez Morales, nombra capellán de la Universidad del Zulia al Pbro. José Andrés Bravo Henríquez.

El 22 de agosto de 2002, la capellanía de la Universidad del Zulia fue elevada al rango de Parroquia Personal Universitaria “San Juan Cristósomo”. El Padre Andrés Bravo, continuó con la línea pastoral asentada por sus precedentes, teniendo el mérito de ser uno de los principales promotores de la elevación a Parroquia de la Capellanía Universitaria. El Padre Andrés desempeñó su labor pastoral hasta el 30 de marzo de 2002.

El 18 de febrero de 2002, Mons. Ubaldo Santana Sequera, nombra al nuevo Párroco Pbro. MSc. José Gregorio Villalobos Rosillo , quien ejerce su labor pastoral hasta el 05 de agosto de 2007.

El Padre José Gregorio Villalobos, desde su nombramiento como párroco, ha impulsado la consolidación de la Parroquia Personal Universitaria “San Juan Crisóstomo”, promoviendo diversas actividades encaminadas al cultivo de la vida espiritual, la promoción de la cultura, los valores humanos y cristianos en el mundo universitario y en la región.

El 05 de agosto de 2007, Mons. Ubaldo Santana Sequera, nombra como párroco universitario al Pbro. Carlos Javier Villasmil Paredes, habiendo cursado estudios doctorales de Teología Bíblica en la Pontifica Universidad Gregoriana en Roma.

El 11 de abril de 2003, Monseñor Ubaldo ramón Santana Sequera, promueve la constitución de la Zona Pastoral nº 8 , en la que se integran servicios pastorales relacionadas con la pastoral educativa, la pastoral de la salud y otros servicios pastorales destinados a la atención de diversos grupos y servicios específicos que funcionan en la Arquidiócesis de Maracaibo. En dicha zona Pastoral se integra la Parroquia Personal Universitaria “San Juan Crisóstomo”.

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